La importancia de la Reserva de la Biosfera El Vizcaíno radica en la gran cantidad de especies de animales y plantas que ahí habitan y que no pueden encontrarse en ningún otro lugar. Esto, además de ser un importante patrimonio para la humanidad, la convierte en un atractivo que bien vale la pena conocer en Baja California Sur. Otra razón para visitarla es su reconocimiento como la reserva natural más grande México; está localizada en el municipio de Mulegé y cubre una extensión de dos y medio millones de hectáreas, extendiéndose desde las sierras de San Francisco y Santa María hasta los islotes y las islas en el Océano Pacífico.

El 30 de noviembre de 1988 fue decretada como tal, y la riqueza de fauna y flora que ahí se encuentra es impresionante. Aquí habitan especies botánicas y animales que han desarrollado características endémicas para sobrevivir en el severo entorno de planicies erosionadas, sierra y torrentes de lava. Tan sólo en la alfombra arenosa que la cubre, sobresalen la yuca y el cardón (éste último es el cactus más grande del mundo, pues algunos pesan diez toneladas y miden veinte metros de altura, con edades que sobrepasan los 200 años); cactus primitivos, sirios, árboles elefante y chollas, especies que destacan entre las 4,000 plantas diferentes que existen aquí.

La fauna, en tanto, incluye aves migratorias y diversas especies de pájaros sedentarios que pasan el invierno en esta región; por eso es común ver al halcón peregrino y águila real, especies en peligro de extinción, así como pájaros carpinteros, colibríes y sinsontes grises; y en la zona lagunera aves playeras como zarapico, chichicuilotes, gansos de collar y 20 especies de patos. La reserva asimismo es hogar de pumas, coyotes, venados, borregos cimarrones, berrendos y zorros. La gran biodiversidad única y sorprendente del lugar responde a que la península está bañada al occidente por las aguas del Océano Pacífico, en donde sus litorales forman vastos sistemas de lagunas costeras que se pierden en el árido desierto bordeado por dunas hasta elevarse en la Sierra de San Francisco, para culminar en el Mar de Cortés o Golfo de California. Pero el atractivo no termina ahí, en sus cuevas y cañones existen unas enigmáticas pinturas rupestres que, a pesar de los años, todavía guardan celosamente el misterio de su creación. Se trata de espectaculares murales con un fuerte sentido mágico-religioso representando figuras humanas de brazos extendidos, grupos de jaguares, reptiles, serpientes con cabezas de venado y manos, todas pintadas en colores ocre, rojo y negro. Distribuidas en una extensión de 12 mil kilómetros cuadrados con epicentro en los grandes cañones de la Sierra de San Francisco, este complejo artístico incluye más de 300 sitios considerados Patrimonio de la Humanidad, siendo de los más accesibles la Cueva del Ratón, la Cueva Pintada (muy visitada por el tamaño y diversidad de las obras expuestas) y la Cueva de la Flechas. Desde Mulegé se puede visitar La Trinidad, Piedras Pintas y la Cueva San Borjita; desde Guerrero Negro se programan excursiones hacia Santa Martha. El padre jesuita Francisco Javier Clavijero fue la primera persona que describió el hallazgo en 1789, pero estudiosos de todo el mundo han tratado de fechar este descubrimiento, lo cual ha sido imposible. La hipótesis más sugerida apunta que tienen 10 mil años de antigüedad y otro argumento dice que fueron hechos por grupos de personas nómadas, cazadores o recolectores. El Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) tiene identificados los sitios arqueológicos y por eso es necesario la compañía de un guía para visitar los que están abiertos al público. La recomendación consiste en visitarlo en los meses de octubre a mayo porque en ese periodo el clima es templado.